골수이식, 면역억제제를 복용하고 있는 시기에는 몸의 T세포의 활동이 억제되어 있기 때문에 백혈구 수치가 정상이라 하더라도 면역 체계가 크게 악화되어 있다. 그래서 외출할 때 마스크를 써야 하며 감염을 조심해야 하고 익힌 음식만 먹어야 한다. 껍질이 없는 과일이나 김치, 상온에 2시간 이상 있었던 음료수, 한번 열었던 우유 등도 먹을 수 없다. 탕수육은 시킨 다음에 소스를 따로 데워서 먹어야 한다. 회 같은 위험도가 높은 음식은 1년 뒤에나 가능하다.
직장 복귀는 환자의 상태에 따라서 다르지만 최소 6개월을 쉬고 면역억제제를 끊은 다음에 할 수 있다. 운동은 할 수 있지만 이 시기에는 몸 자체가 피곤하고 잠이 많아지기 때문에 개인의 상태를 봐가면서 운동을 시작해야 한다. 공여자와 수혜자의 혈액형이 다른 경우 혈액형은 점점 공여자 것으로 바뀌게 되는데 보통 1년간은 두 혈액형이 공존하다가 1년 후 쯤에는 완전히 혈액형이 바뀐다.
면역억제제의 부작용으로는 구토, 더부룩함, 다모증, 여드름 등의 피부질환이 있으며 이것은 면역억제제를 나중에 끊으면 없어진다. 스테로이드도 부작용이 있는데 가장 신경써야 할 것은 대퇴골 무혈성 괴사증이다. 스테로이드를 장기간 복용하면 나타난다. (무혈성 괴사란 순환장애로 혈액공급이 원활치 못하여 뼈가 괴사에 빠지는(썩는) 병)